Увеличение поступлений от таможенной деятельности связано также с совершенствованием организации работы таможен и с внедрением в их практику новых технологий. Так, участники внешнеэкономической деятельности долго сетовали на длительные задержки транспортных средств на приграничных пунктах пропуска. Проблему пытаются решить, передав в "штатных" ситуациях контроль за грузами всего лишь двум службам - таможенникам и пограничникам. Миграционную, санитарно -эпидемиологическую, экологическую и другие инспекции будут привлекать лишь при необходимости углубленной проверки. Время досмотра может сократиться с 3 часов до 40-50 мин.

Высокие цены на нефть позволили Федеральной таможенной службе в 2004 году в 1,5 раза увеличить выплаты в бюджет. Ее вклад в размере 1,2 трлн рублей составил почти 40% доходной части бюджета и около 8% ВВП.

Информационные технологии, создание масштабных баз данных позволят таможенникам отказаться от тотальной проверки грузов в пользу выборочной. Имея реестр компаний, занимающихся внешнеэкономической деятельностью, таможенные службы уже сократили объем досматриваемых грузов с 95 до 60%. К 2008 году планируется досматривать лишь каждую десятую товарную партию.

Другим способом повысить эффективность грузопотоков через границу станет отмена ограничения числа мест оформления цветочной, рыбной и овощной продукции, а также товаров из некоторых стран Юго-Восточной Азии и Турции. В свое время это был вынужденный шаг в связи с большим риском попадания на наш рынок некачественных или вредных товаров. Но сейчас благодаря широкому внедрению информационных технологий, а также анализа и управления рисками подобная мера представляется излишней.